安徽省农业科学院水稻研究所成立于1987年5月。前身为1973年创建的安徽省农业科学院作物研究所的水稻研究室、生物技术研究室及品种资源研究室的一部分。现设4个研究室：种质资源研究室、遗传育种研究室、生物技术研究室、栽培技术研究室，以及办公室、试验农场和院幼儿园等机构，合资组建安徽华安种业有限责任公司。作为技术依托单位，建有农业农村部国家水稻改良中心合肥分中心、农业农村部农作物生态环境安全监督检验测试中心（合肥）、农业农村部安徽省长江中下游稻作技术创新中心、农业农村部长丰生物育种科研试验基地、科技部水稻分子育种国际联合研究中心、科技部国际科技合作基地以及水稻种质创新与分子改良安徽省重点实验室、安徽省杂交水稻工程技术研究中心、安徽省水稻分子育种国际联合研究中心、安徽省两系杂交水稻产业技术创新战略联盟、安徽省水稻产业技术体系等研发平台。主要从事水稻遗传改良、生物技术、栽培生理、新品种新技术开发等应用基础和应用研究，承担农业科技成果转化与检验检测等技术服务。

 现有在职职工72人，其中，专业技术人员65人，包括研究员20人，博士40人。享受国务院政府特殊津贴专家19人、安徽省政府特殊津贴专家16人次；入选国家高层次人才4人；安徽省学术和技术带头人9人，后备人选17人；6人获得安徽省青年科技奖，2人获得安徽省青年科技创新奖，1人获得“全国优秀科技工作者”称号，1人获得“合芜蚌创新人才奖”，1人获得“安徽省突出贡献人才奖”，1人获得“安徽省先进工作者”称号，1人获得“全国巾帼建功标兵”称号。“稻麦优质丰产绿色增效科技创新团队”入选科技部重点领域创新团队。组建“水稻遗传育种”“水稻分子育种”和“优质水稻智能化”三个安徽省“115”产业技术创新团队。牵头建设国家水稻产业技术体系合肥综合试验站、安徽省水稻产业技术体系。

 拥有办公和实验室用房约10000 m²。建有合肥牛角大圩示范基地500余亩和配套建筑面积1150 m²；长丰生物育种科研试验基地150余亩和配套建筑面积400 m²；海南省南繁试验基地150余亩和配套建筑面积1900 m²；建成大型网室7200 m²，温室200 m²，抗病、抗虫等鉴定圃600 m²，人工气候室280 m²；建成配套完善的安徽省稻米及制品检测中心、水稻育性和耐高温鉴定设施；拥有各类科研仪器2500多台（套）。

先后承担国家“973”计划、“863”计划，科技部重点研发计划、科技支撑计划，国家自然科学基金，转基因产业化专项及安徽省科技重大专项等研发项目2100多项。获省部级以上科技成果奖励78项，其中国家科技进步特等奖1项，一等奖1项，二等奖2项；主持获得省部级一等奖20项、二等奖16项。获得国家发明专利授权176件，美国发明专利1件，PCT专利3件，实用新型专利15件，计算机软件著作权19项。研制标准72项，其中国家标准11项，行业标准3项。发表科技论文1270多篇，其中SCI论文198篇；出版专著32部。育成水稻品种348个，其中国审品种63个，获植物新品种保护权170项。新品种在省内外得到广泛推广应用，年推广面积600多万亩，取得了巨大的社会经济效益。（2024年3月更新）